У липні 2001 року Указом Президента України №511/2001 від 11.07.2001 року було утворено 7 апеляційних господарських судів та затверджено території апеляційних округів, на які поширюється їх повноваження. Серед новоутворених судів апеляційної інстанції і Одеський апеляційний господарський суд, юрисдикція якого на початку його існування поширювалась на Одеську та Миколаївську області, а згодом і Запорізьку область. На сьогоднішній день: Одеську, Миколаївську та Херсонську області.

(Наказ про реєстрацію Одеського апеляційного господарського суду)
Першим головою Одеського апеляційного господарського суду, суддівський корпус якого складався з 31 судді, було обрано Балуха Валерія Сергійовича.

(Балух Валерій Сергійович)
Указом Президента України №454/2017 від 29.12.2017 року було ліквідовано вісім апеляційних господарських судів, серед яких і Одеський апеляційний господарський суд. Натомість було утворено Південно-західний апеляційний господарський суд в апеляційному окрузі, що включає Миколаївську, Одеську та Херсонську області, з місцезнаходженням у місті Одесі.
З моменту, коли 3 жовтня 2018 року Одеський апеляційний господарський суд припинив здійснення правосуддя у зв'язку із публікацією в газеті «Голос України», Південно-західний апеляційний господарський суд розпочав свою роботу.
В період з дня початку роботи суду до 1 лютого 2019 року обов’язки голови Південного-західного апеляційного господарського суду виконував суддя Колоколов Сергій Ігоревич.
1 лютого 2019 року зборами суддів Південно-західного апеляційного господарського суду одноголосно обрано головою суду Богацьку Наталію Станіславівну строком на 3 роки, заступником голови суду – Разюк Галину Павлівну.
Загальна кількість суддів станом на лютий 2019 року становила 17 осіб.
З 02 лютого 2022 року по 02 березня 2022 року виконання адміністративних повноважень голови Південно-західного апеляційного господарського суду здійснювала – Разюк Галина Павлівна, заступник голови Південно-західного апеляційного господарського суду.
02 березня 2022 року зборами суддів Південно-західного апеляційного господарського суду обрано Богацьку Наталію Станіславівну на адміністративну посаду голови Південно-західного апеляційного господарського суду, яку вона обіймала з 03 березня 2022 року по 11 грудня 2024 року.
11 грудня 2024 року зборами суддів суду на адміністративну посаду голови Південно-західного апеляційного господарського суду обрано Колоколова Сергія Ігоревича, яку він обіймав з 12 грудня 2024 року по 26 червня 2025 року.
26 червня 2025 суддю Колоколова Сергія Ігоревича відраховано зі штату Південно-західного апеляційного господарського суду у зв'язку зі звільненням у відставку.
З 27 червня 2025 року по 16 жовтня 2025 року виконання адміністративних повноважень голови Південно-західного апеляційного господарського суду здійснювала – Принцевська Наталія Миколаївна, заступник голови Південно-західного апеляційного господарського суду.
16 жовтня 2025 року зборами суддів суду на адміністративну посаду голови Південно-західного апеляційного господарського суду обрано Богацьку Наталію Станіславівну.

(Богацька Наталія Станіславівна)
Загальний склад суддів у 2026 році становить 12 осіб.
Юрисдикція Південно-західного апеляційного господарського суду поширюється на Миколаївську, Одеську, Херсонську області та Автономну Республіку Крим, у межах яких здійснюється перегляд в апеляційному порядку рішень місцевих господарських судів.
Структура апарату суду включає такі структурні підрозділи та посади:

